AlphaFold3再登Nature!
这次重磅升级,不再仅限于蛋白质结构预测——可以以前所未有的精度预测所有生命分子的结构和相互作用。
这次的最大创新之一,是用上了AI绘画上常见的去噪扩散模型,直接生成每个原子的3D坐标。
现在,AlphaFold3对普通感冒病毒Spike蛋白(蓝色)的结构预测,灰色部分为预测结果。这能让人类更进一步了解冠状病毒。
对蛋白质和DNA结合的分子复合物进行预测,其预测结果与真实结构几乎一致。
在不输入任何结构信息的情况下,AlphaFold3预测准确度比现有方法提高了50%,对于部分相互作用类别甚至提高了1倍。
这使得AlphaFold3成为首个超越基于真实生物分子结构预测工具的AI系统。
而且全球科学家通过AlphaFold服务器即可免费访问使用AlphaFold3进行非商业研究(开放大部分功能)。
DeepMind联创兼CEO哈撒比斯在发布会上非常肯定地表示,AlphaFold3是人类了解生物学动态系统历史性的第一步。
网友都纷纷感慨:这就是AI的用处所在啊。
事实上,在AlphaFold3之前还进行过一系列小规模更新,重点提高了对蛋白质复合体的预测精度。
所以总结下来:
AlphaFold,开创了蛋白质结构预测的新时代
AlphaFold2,大幅提高了预测精度
AlphaFold-Multimer,将预测范围扩展到具有多个蛋白质链的复合物
AlphaFold2.3,它提高了性能并将覆盖范围扩大到更大的复合物
这次革命性的AlphaFold3,继续将预测范围扩展到蛋白质、DNA、RNA以及一系列配体、离子和化学修饰等更多生物分子结构。
AlphaFold3建立在AlphaFold2的基础上,但在架构和训练过程上有很大改进:
遗传特征编码器(MSA module)被大幅简化,聚焦提取更关键的进化信息。
成对残基关系编码器(Pairformer)取代了原有的进化特征处理单元(Evoformer